De acuerdo a las amenazas que enfrenta la RBM se han establecido tres indicadores que se miden a través de Sistemas de Información Geográfica para toda la RBM:

Pérdida de Cobertura Vegetal

Se define como la extensión superficial de las pérdidas de cobertura vegetal primario o poco perturbada por cambio de uso del suelo hacia usos antrópicos que incluyen agricultura anual o perenne, ganadería, crecimiento urbano, construcción de infraestructura, etc. Este indicador mide la amenaza de pérdida de hábitat por deforestación a través de la RBM, ha servido a lo largo de la historia de la RBM como referencia principal para evaluar el estado de la reserva y las inversiones hechas para su conservación. Su relevancia radica en que el hábitat es la unidad básica para evaluar el estado de la biodiversidad a escala de paisaje.

Ocurrencia de puntos de calor de MODIS

Este indicador se define como el número de puntos de calor ocurridos en o cerca de hábitat y vegetación primaria o poco perturba da entre el 01 de Marzo y el 30 de Julio de cada año. El indicador pretende ser una aproximación a la evaluación de áreas afectadas por incendios.

Facilidad de Acceso

La facilidad de acceso en ausencia de vigilancia y de control de tránsito está relacionada con la cacería, la extracción de maderables, no maderables, recursos culturales e invasiones. El monitoreo de cambios en la facilidad de acceso permite detectar cambios en los niveles de amenazas y apoyar la toma de decisiones en cuanto a la asignación de recursos de vigilancia en áreas con facilidades de acceso mejoradas. Este indicador usa sensores remotos para digitalizar en una secuencia temporal la construcción de caminos en la RBM.